São órgãos da Justiça Militar do Estado:
- Em primeira instância:
I - Os Juízes de Direito, titular e substituto;
II- Os Conselhos de Justiça, Permanente e Especial.
- Em segunda instância, o Tribunal de Justiça. O cargo inicial da carreira dos Magistrados da Justiça Militar do Estado é denominado de Juiz de Direito Substituto, provido por específico concurso público de provas e títulos realizado pelo E. Tribunal de Justiça, nos termos do concurso para Juiz de Direito (art. 55 da Lei nº 5.008/81 - Código Judiciário do Estado). Tal cargo é de segunda entrância. Por promoção, é provido o cargo de Juiz de Direito Titular, de terceira entrância (artigos 54 e 58, da referida lei).
O Conselho de Justiça é formado pelo Juiz de Direito do Juízo Militar, que o preside, e por quatro oficiais militares estaduais, escolhidos mediante sorteio pelo Juiz togado, conforme lista dos oficiais da ativa encaminhada pela respectiva corporação a que pertencer o acusado. O Conselho Permanente tem os membros militares substituídos trimestralmente. Haverá um Conselho Especial para cada processo em que for acusado um oficial da Polícia Militar ou do Corpo de Bombeiros Militar.
A sede da Justiça Militar é na capital do Estado e sua jurisdição abrange todo o território paraense.
